バイオインフォマティクス入門 定期試験


A. 1. 相同性検索プログラムパッケージBLASTの使用目的を5つ書け。

A. 2. 相同性検索プログラムパッケージBLASTに含まれているプログラム名を5つ書け。また、これらの入出力を説明せよ。

A. 3. 原核生物と真核生物の遺伝子構造の、ぞれぞれの特徴を述べよ。

A. 4.  (a) Accession No. AC079233 についてNCBIのデータベースを調べ、生物種と配列の長さ(bp)を書け。     
          (b) 動物実験よりこの遺伝子はグルタミン酸受容体(glutamate receptor)をコードするということが知られている。NCBIのデータベースを使って、
     Accession No. AC079233の遺伝子とヒトのグルタミン酸受容体(glutamate receptor)との相同性を調べよ。(ヒント blastx を使ってください)


B. 1. タンパク質の立体構造からわかることを3つ書け。

B. 2. タンパク質の2次構造を構成する要素として正しいものを下記から一つ選べ。
        (a) αヘリックス
        (b) 逆並行βシート
        (c) αヘリックス、逆並行βシートとコイル
        (d) αヘリックス、逆並行βシート、コイルと多量体

B. 3. 遠縁相同なタンパク質解析について下記より正解を選べ。
          (a) アミノ酸配列より立体構造のほうが保存されている
          (b) 立体構造よりアミノ酸配列のほうが保存されている
          (c) アミノ酸配列と立体構造が同じぐらいの割り合いで保存されている
          (d) 遠縁相同なタンパク質の場合、アミノ酸配列も立体構造も保存されていない

B. 4.    (a) ホモロジーモデリング法の流れを説明せよ。
          (b) Accession No. P21812 のタンパク質についてNCBIのデータベースを調べ、生物種と配列の長さを書け。
          (c) ホモロジーモデリング法によるモデル構築のための鋳型を探せ(ヒント:ラットのタンパク質)。

C. 1. DNA(元が大文字でも小文字でもかまいません)を小文字(actg)で表示するプログラムを書け。

C. 2. オープン・ソース・ソフトウエアの意味を説明せよ。

C. 3. 次のLinuxのコマンドの意味を説明せよ。
       pwd
       rmdir

C. 4. シェル(bash shell)にヒストリという機能がありますが、その意味を説明せよ。

D. 1. この授業の感想を書いて下さい。

bioinfo_test.doc