バイオインフォ マティクス入門

1. 次の概念を説明せよ

       相同な配列
     オーソログ配列
   パラログ配列


2. 原核生物の遺伝子構造と、真核生物の遺伝子構造の主な違いを説明せよ。

3. 2つのタンパク質を比較するための正しいスコア行列(PAM、BLOSUM行列)の選択方法を記述せよ。

4. PAMスコア行列に基づいて、下記のアミノ酸の中から、変異確率の最も低いものを選べ

    アラニン (Ala)
    グルタミン(Glu)
    メチオニン(Met)
    システイン(Cys)

5. 30%アミノ酸配列一致性がある2つの蛋白質は、30%相同であると言えるのか?

6. あるDNA配列をクエリとし、その産物アミノ酸配列に類似性の高いタンパク質を入手するためのBLAST検索プログラムを下記から選べ

        blastn
        blastp
        blastx
        tblastn
        tblastx

7.  RBP4 (NP_006735)をクエリとし、NCBIデータベースをBLASTで検索せよ。ただし、その出力を昆虫(ARTHROPODA)に制限せよ。
 
      a. E-valが0.001以上のヒットする配列の数を書け。
           b. E-valが0.001以上のヒットする配列を含む生物を3つ書け。

8. HIV1ウイルスの pol タンパク質は、次のタンパク質のうち、どちらと類似性が高いか?(ヒント:blastpを使う)
         
           a. HIV2ウイルスの pol タンパク質
           b. SIVウイルスの pol タンパク質